โครงการเริ่มต้นในปี 2544: ในปี 2542 การควบคุมคลองปานามาถูกโอนจากสหรัฐอเมริกาไปยังหน่วยงานของปานามาและในเวลาเดียวกันก็เกิดคำถามเกี่ยวกับการใช้พื้นที่ใหม่ที่อยู่ติดกัน ส่วนหนึ่งซึ่งเคยครอบครองโดยฐานทัพอากาศอเมริกันได้รับการจัดสรรสำหรับพิพิธภัณฑ์ การก่อสร้างเริ่มขึ้นในปี 2549 แต่เมื่อต้นเดือนตุลาคมที่ผ่านมา Biomuseo เปิดให้ประชาชนเข้าชมแม้ว่าจะยังไม่เสร็จสมบูรณ์ แต่ห้องโถงและพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำหลายแห่งจะยังไม่พร้อมใช้งานจนกว่าจะถึงฤดูหนาวปี 2559
ด้วยหลังคาอลูมิเนียมสีสันสดใสพิพิธภัณฑ์แห่งนี้น่าจะชวนให้นึกถึงธรรมชาติที่สดใสของปานามาหลังคาโลหะของกระท่อมในท้องถิ่นและโครงสร้างทางประวัติศาสตร์ของโครงสร้างพื้นฐานคลอง ตั้งอยู่บนคาบสมุทรแคบ ๆ ที่ยื่นออกไปในอ่าวอาคารสามารถมองเห็นได้จากระยะไกลและสามารถมองเห็นทิวทัศน์มุมกว้างของเมืองและ "ปาก" แปซิฟิกของคลองปานามา
ระยะเวลาของการก่อสร้างพิพิธภัณฑ์ที่ชาวบ้านเรียกขานกันว่า "พิพิธภัณฑ์ที่ไม่มีวันเสร็จ" เหนือสิ่งอื่นใดด้วยคุณสมบัติที่ต่ำของผู้สร้างในท้องถิ่น คอนกรีตหยาบของพื้นและผนังต้องเทใหม่หลายครั้งและหลังคาที่มีความคลาดเคลื่อน 6 มม.
อย่างไรก็ตามตอนนี้พิพิธภัณฑ์ไม่เพียงสร้างสำเร็จ แต่ยังเต็มไปด้วยนิทรรศการ "The Bridge of Life" ซึ่งออกแบบโดย Bruce Mau อีกด้วย สถาบันสมิ ธ โซเนียนในวอชิงตันรับผิดชอบด้านวิทยาศาสตร์ของโครงการและ Biomuseo กลายเป็นพิพิธภัณฑ์พันธมิตรเพียงแห่งเดียวนอกสหรัฐอเมริกา
พิพิธภัณฑ์แห่งนี้อุทิศให้กับความหลากหลายทางธรรมชาติที่น่าอัศจรรย์ของคอคอดปานามาด้วยพื้นที่ 75,000 ตารางเมตรเป็นที่อยู่ของนกสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมสัตว์เลื้อยคลานและพืชมากกว่าในสหรัฐอเมริกาและแคนาดารวมกัน นอกจากนี้นิทรรศการยังบอกรายละเอียดเกี่ยวกับกระบวนการสร้างคอคอดซึ่งเริ่มขึ้นเมื่อ 12 ล้านปีก่อนและสิ้นสุดเมื่อ 3 ล้านปีก่อน การปรากฏตัวของมันเปลี่ยนระบบนิเวศและสภาพอากาศในระดับดาวเคราะห์: แทนที่จะเป็นมหาสมุทรเดียวมหาสมุทรแอตแลนติกและแปซิฟิกที่แตกต่างกันมากเกิดขึ้นกระแสกัลฟ์สตรีม "เริ่มต้น" จากทะเลแคริบเบียนที่เกิดใหม่และอเมริกาเหนือและใต้รวมกันเป็นครั้งแรกใน 70 ล้านคน ปี. การอพยพของสัตว์เริ่มขึ้นตามคอคอดและเมื่อไม่นานมานี้เมื่อ 15,000 ปีก่อนคนกลุ่มแรกผ่านเส้นทางนี้จากเหนือลงใต้
Biomuseo ซึ่งมีราคา 95 ล้านเหรียญสหรัฐ (ไม่นับรวมค่าห้องจัดแสดงนิทรรศการที่ยังไม่เสร็จ) ได้รับการออกแบบมาเพื่อเด็กนักเรียนเป็นหลัก (มีแผนจะนำนักเรียน 40,000 คนต่อปีไปทัศนศึกษาฟรี) และสำหรับนักท่องเที่ยวเนื่องจากท่าเรือสำราญเป็น ใกล้มาก. ตามหลักการแล้วเจ้าหน้าที่คาดหวังผล "บิลเบา" จากพิพิธภัณฑ์ ตามแผนของพวกเขามันควรจะกลายเป็นสัญลักษณ์เดียวกันของเมืองปานามาและประเทศปานามาซึ่งโอเปร่าเฮาส์ของ Utson กลายเป็นของซิดนีย์และออสเตรเลีย